Насколько помню, в фитсстакере вообще нет функции выравнивания, предполагается, что программе скармливаются уже выравненные кадры, а она реализует хитрый алгоритм сложения кадров. Разные по размеру - это в смысле с разным фокусом снятые? Два кадра не влом и вручную сложить, хоть в фотошопе, хоть в фитсворке) Привести сперва к одному масштабу.