Конечно, обрезанные. Компьютеру будет гораздо легче, и дело пойдет быстрее. Только нужно обрезать с запасом небольшим, не в притык, все кропы (т.е. такие обрезки), должны быть одного размера (для Регистакса, по крайней мере) и сохранять потом в формат без сжатия, BMP или TIFF (non-compressed).