SharpCap обычно пишет рекомендуемую (реальную) частоту кадров (внизу окошка, где идёт счётчик кадров). Если там 5 fps, а мы установили для считывания, например, 10 fps, то в среднем каждый кадр будет дублироваться. А если поставим 30 fps - то ушестеряться. Обычно в стек берется меньше половины кадров, к примеру 300 из 1000. Поэтому, в плане усреднения, накапливать лишние кадры - это только перегружать компьютер.
Другое дело, если в стек берется, скажем, 800 кадров из 1000. Это может быть, если почти все кадры хорошие - это либо короткий ролик, либо чудо атмосферы. Тогда некий смысл накапливать хорошие кадры присутствует - на их фоне регистакс выберет в стек меньшее число плохих кадров, хотя и не очень-то поборет шумы на этих, в принципе одинаковых, дублированных кадрах.